Nacido en Zaragoza, España, el 25 de julio de 1954. Estudia filosofía en la Universidad Complutense de Madrid (1972-1977) y en la Université de Vincennes, París VIII (1977-1978), bajo la dirección de Gilles Deleuze.
Cantante y compositor del grupo musical RADIO FUTURA (1980-1992), con el que realiza las siguientes grabaciones: Música moderna (1980); La estatua del jardín botánico (disco sencillo y videoclip, 1982); La ley del desierto/La ley del mar (1984); De un país en llamas (1985); La canción de Juan Perro (1987); Escuela de calor. El directo de Radio Futura (1989); Veneno en la piel (1990); Tierra para bailar (1992) y Memoria del porvenir (primera antología, 1998). Dicho material ha sido reeditado en la antología definitiva Paisajes eléctricos y en la Caja de canciones (obra integral, 2004).
Junto a la Original Jazz Orquestra del Taller de Músics de Barcelona, desarrolla entre 2005 y 2007 el espectáculo Canciones de Santiago Auserón, con una selección de los repertorios de Radio Futura y de Juan Perro arreglada por Enric Palomar. Recibe el premio Trovador a las Artes Escénicas, en el Festival de Los Castillos 2007, del Ayuntamiento de Alcañiz (Teruel). La grabación en directo de Canciones de Santiago Auserón se edita posteriormente en CD y DVD (La Huella Sonora, 2008).
Durante dos años, en 2008 y 2009, dirige el taller de canciones A Coruña Son, para el Ayuntamiento de A Coruña. Tras varios viajes a Nueva Orleans, vuelve a la carretera en 2009 como JUAN PERRO. Recibe el premio del Ayuntamiento de Montilla (Córdoba), 2009, como homenaje a su trayectoria artística. Realiza la traducción y escribe el prólogo para el libro El árbol ausente de Catherine François (Demipage, 2009).
En 2010 gira con nuevo repertorio por toda España, da conferencias en la Universidad de Murcia y en la Universidad de Valencia, participa en el 10º aniversario de La Música Contada de Málaga, en el Festival Perfopoesía de Sevilla y en el ciclo de Poesía y Música de Almería, junto al poeta Juan Carlos Mestre.
Graba el álbum Río Negro (La Huella Sonora, 2011) quinto disco de JUAN PERRO y gira por toda España con amplio reconocimiento de público y crítica. Recibe el Premio Nacional de Músicas Actuales 2011 del Ministerio de Cultura.
En 2012 gira por España, México y Estados Unidos con el proyecto Casa en el aire, en dúo con el guitarrista Joan Vinyals. Participa en la Feria Internacional de la Música de Guadalajara (México). A propuesta del festival Etnosur, crea el proyecto Juan Perro & La Zarabanda, con el que visita los principales festivales españoles.
Publica el libro Canciones de Juan Perro, con prólogo de Jenaro Talens y postfacio del autor (Salto de Página, 2012). En octubre del mismo año, Ediciones Península publica el ensayo El ritmo perdido. Sobre el influjo negro en la canción española, por el que recibe el Premio Cálamo, Zaragoza, en febrero de 2013.
A lo largo de 2013 gira por España, México y Estados Unidos con el proyecto Casa en el aire y por España con Juan Perro & La Zarabanda. Presenta El ritmo perdido y actúa en la Feria Internacional del Libro en español de Los Ángeles, LEALA, n el Instituto Cervantes de Estocolmo, en la Universidad Interamericana de San Juan de Puerto Rico, en la Miami Book Fair International 2013. Realiza el concierto de clausura de la tercera edición del festival Recent Cinema From Spain en el Gusman Theatre de Miami. Publica el disco-libro-DVD Juan Perro & La Zarabanda (La Huella Sonora, 2013).
En marzo de 2014 gira por los Estados Unidos realizando conferencias-concierto en los centros del Instituto Cervantes de Nueva York, Chicago y la Universidad de Harvard en Boston, en la State University de Nueva York y en la Universidad de Princeton. Conciertos en el Joe’s Pub de Nueva York, en el Howard Theatre de Washington, en el Russian House y en la Central Presbyterian Church de Austin.
En octubre de 2015, defiende su tesis Música en los fundamentos del lógos, obteniendo el grado de Doctor en Filosofía por la Universidad Complutense de Madrid con la máxima calificación "cum laude".
En abril de 2017 es reconocida su trayectoria en los Premios de la Música de Aragón y en mayo recibe el Premio Internacional Cubadisco por El viaje. Realiza conciertos en La Habana y en Güines (Cuba) con Pancho Amat y el Cabildo del Son. Canta a dúo con el trovador Vicente Feliú en el programa de mayor audiencia de la televisión cubana. En julio publica el opúsculo Semilla del Son. De cómo la música popular cubana germinó en suelo español (La Huella Sonora).
En noviembre-diciembre del mismo año visita con el sexteto de Juan Perro la Feria Internacional del Libro de Guadalajara (Mex) y hace sonar su proyecto por vez primera en Cuba: en el Salón José White de la ciudad de Matanzas, en la Fábrica de Arte Cubano de La Habana y en el Teatro del Museo de Bellas Artes de la misma ciudad, obteniendo una excelente acogida por parte del público y de los profesionales de la cultura.
En septiembre de 2018 regresa a La Habana para impartir conferencias en el Simposio Cubadisco, participar en un Homenaje a Ignacio Piñeiro en la Sala Avellaneda del Teatro Nacional, reunirse con alumnos y profesores del Departamento de Musicología de la Universidad de las Artes y tocar en formato solo en el Teatro del Museo de Bellas Artes. Compone la música para la pieza de Alberto San Juan Mundo obrero, que se estrena el 4 de octubre en el Teatro Español de Madrid.
El año 2019 se inicia con un brillante concierto del sexteto de Juan Perro en la Sala de Cámara del Auditorio Nacional de Música de Madrid. El sexteto entra en estudio para grabar el octavo disco de Juan Perro.
Santiago Auserón participa en una “performance” en el Museo de El Prado, dentro del ciclo de celebraciones por su 200 aniversario, y en la pieza videográfica, “Sobre vivir en El Prado”, dirigidas por el pintor José María Sicilia y la Fundación El Instante. En julio viaja a Cuba para participar en el Festival de Cine Español de La Habana y en el Festival Internacional de Cine de Gibara, con sendos conciertos en solitario. En septiembre viaja a México para tomar parte en el Hay Festival of Literature & Arts de la ciudad de Querétaro, donde da un concierto en solitario y mantiene una charla con el escritor mexicano Luigi Amara. Da otro concierto en el Centro Cultural Español de la Ciudad de México. En octubre la editorial Libros del Kultrum publica el libro de Santiago Auserón “Semilla del son. Crónica de un hechizo”, que recoge sus experiencias con la música popular cubana. El Hay Festival le invita a la edición celebrada en noviembre en la ciudad peruana de Arequipa, donde conversa con el músico Jorge “Pelo” Madueño. En el Centro Cultural Español de Lima da un concierto con “Pelo” Madueño y la cantante Susana Baca como invitados.
En febrero de 2020 viaja con la banda de Juan Perro a Colombia para participar en el Hay Festival de Cartagena de Indias y Medellín. En Cartagena conversa con el escritor colombiano Juan Cárdenas. Da un concierto en solitario en la ciudad de Bogotá. En marzo regresa a Cuba para iniciar el rodaje de un documental sobre el son cubano producido por Insularia Films, del que se filman escenas en Santiago de Cuba, Guantánamo, Baracoa y Sancti Spiritus. El rodaje se interrumpe debido a la pandemia del Covid-19. Acabado el confinamiento, conciertos en el nuevo auditorio del Puerto de Mazarrón, en el Teatro Principal de Mahón, en el Teatro Principal de Palma de Mallorca, en la clausura del 150 aniversario del Teatro Cervantes de Málaga, y en la clausura de la primera edición del Festival SoNna en la Cartuja de los Monegros de Sariñena (Huesca). En noviembre se publica el octavo disco de Juan Perro, «Cantos de ultramar», con excelente acogida por parte de la crítica.
En colaboración con el poeta Jenaro Talens, traduce del francés el libro de Catherine François «La senda de las nubes», que publica la editorial Siruela a comienzos de 2021. La gira de este año arranca con un concierto en solitario en la Sala Mozart del Auditorio de Música de Zaragoza. La editorial Anagrama reedita el libro «El ritmo perdido. El influjo negro en la canción española». Comienza el trabajo de maquetación de diez canciones para un nuevo disco, que la banda de Juan Perro graba en Barcelona durante el verano y será mezclado a lo largo del otoño en Penzance, Cornwall, U.K., por el productor Joe Dworniak. En noviembre la banda actúa en Madrid y Barcelona, con Depedro y Judit Neddemann como invitados, respectivamente. La gira de 2021 concluye con un concierto a dúo con el guitarrista Joan Vinyals en el auditorio de San José de Ibiza. Unos días después, el 4 de enero de 2022, fallece Joan Vinyals a causa del Covid-19, tras doce años de intensa colaboración.
A comienzos de 2022, Anagrama publica «Arte sonora. En las fuentes del pensamiento heleno», reelaboración de la tesis doctoral de Santiago Auserón sobre la música griega antigua. El 25 de marzo se presenta el disco de la banda de Juan Perro, «Libertad», editado por La Huella Sonora, en el Teatro Romea de Barcelona, con la incorporación de Vicenç Solsona a la guitarra. Se realizan dos presentaciones más con aforo reducido en el Milano Jazz Club de Barcelona y en el Café Berlín de Madrid, antes de seguir la gira por todo el Estado. Estreno del proyecto «Travesía» en colaboración con la Gran Canaria Big Band, dirigida por David Pastor. En septiembre Santiago Auserón recibe el Premio a la Trayectoria del Festival Altaveu y en octubre es nombrado Hijo Predilecto de la Ciudad de Zaragoza. Participa en el Concierto Homenaje a Joan Vinyals organizado por la Asociación de Músicos de Jazz y Música Moderna de Cataluña. La Huella Sonora edita el disco póstumo de Joan Vinyals, «Estol de Blaus», producido por el baterista Pere Foved y mezclado por Joe Dworniak. La editorial Demipage publica «Luz de mis huesos», antología de letras de Santiago Auserón seleccionadas por el poeta Francisco Javier Irazoki. En diciembre de 2022 recibe la Medalla de Oro de las Bellas Artes.